1999 年，為了使人進化為“完美的個體”，由NEO（Next Environment Organization）領導并開始實行BESTMAN計劃，但是結果是失敗了。試驗將尊者ヤクスギ進化成了擁有無限再生能力的カンケル（Cancer）。不僅如此，作為整個人類社會的敵人，カンケル的目的就是消滅整個人類，但是首先他就必須要消滅一直保護著人類的共生免疫體——ベターマン（Betterman）。而當時在場的其他幾位幸存著則把カンケル存在的消息以一種蛋白質的形式傳播出去，并引起人類自毀滅的DNA程式，它所造成的離奇疾病就是アルジャーノン，而這種疾病的目的就是召喚出人類的免役體ベターマン。時間前進到2006年，在這期間，NEO直屬機構モーディワープ（Mode Warp）一直致力于アルジャーノン病的研究，在一次游樂園的大規(guī)模殺人事件調查中，原ヘッドダイバー（Head Diver）カクタス因アルジャーノン突然發(fā)作而被失控的游樂園機器人殺死。關鍵時刻，17歲的高中生蒼斧蛍汰在一次不是意外的意外中坐上了覚醒人1號，并打敗了由一團電線構成的機器人豆の木ドラゴン，但是在巨型チカちゃん出現(xiàn)后，覚醒人卻因為リンカージェル（Linker Gel）的使用到達限界而停止了活動。就在蛍汰和火乃紀的生命處于最危急的時刻，ベターマン出現(xiàn)打倒了敵人……事件后蛍汰加入了モーディワープ，駕駛覚醒人調查各種奇怪事件，不時的遭遇了各種奇怪的不明生物（UMA），機器人和一些超能力者。在逐步的調查中，漸漸的發(fā)現(xiàn)NEO直屬的BPL（Biotechnology Provisions Laboratory），(株)超人同盟甚至モーディワープ本身都是“元兇之力”的一部分，事情的真相也逐漸被揭示了出來。最后，一場決定所有生命命運的決戰(zhàn)在水與火的原始生命誕生場地展開了……（From：機戰(zhàn)世界）