故事發(fā)生在虛構(gòu)的未來世界，彼時，人類因為疏忽和大意而失去了制海權(quán)，海洋，成為了人們可望而不可即的所在，盤踞在那里的，是一股名為“深海棲艦”的強大勢力。為了同這股勢力抗?fàn)?，一群名為“艦?zāi)铩钡呐⒆觽兂霈F(xiàn)了，在她們的體內(nèi)，棲息著艦艇之魂，亦是明日呢化身成為各式各樣的戰(zhàn)艦，為了人類的和平做著不懈的努力。　　平日里，艦?zāi)飩冊诿麨椤版?zhèn)守府”的大本營里進(jìn)行日常生活和訓(xùn)練，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活潑女孩出現(xiàn)在了大家的面前，初來乍到的她躊躇滿志，熱情滿滿地加入了艦隊的新生活中去，在這里，充滿了精彩和刺激的日常就此展開。