『宇宙戦艦ヤマト2』で、ヤマトと別れたデスラーが新天地を探す旅に発つ前に寄ったガミラス星から始まる。暗黒星団帝國(guó)がガミラシウムを採(cǎi)掘していた。これに怒ったデスラーは攻撃を加え、交戦の結(jié)果、ガミラス星が崩壊。ガミラス星の消滅により連星を構(gòu)成していたイスカンダルが暴走を始める。その頃、地球ではヤマトに新しい乗組員を迎え訓(xùn)練に勵(lì)んでいた。デスラーから発信された、救援を求める通信によりイスカンダルの危機(jī)を知ったヤマトは、地球防衛(wèi)軍長(zhǎng)官の命によりイスカンダルにスターシャと古代守の救助に向かう。